Ngày 31/12/2013, Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam đã tổ chức Hội nghị tổng kết công tác năm 2013 với sự tham dự đông đủ của mọi cán bộ nhân viên. Hội nghị đã đánh giá kết quả thực hiện các chỉ tiêu nhiệm vụ năm 2013, đề ra phương hướng hoạt động năm 2014. Bên cạnh các kết quả đã đạt được, Hội nghị cũng đi sâu phân tích, tìm hiểu nguyên nhân của các tồn tại yếu kém trên cơ sở đó đề xuất các giải pháp khắc phục nhằm hoàn thành tốt nhiệm vụ công tác năm 2014.

Trải qua một năm có nhiều biến động lớn và khó khăn của nền kinh tế đất nước, trong bối cảnh nền kinh tế thế giới gặp nhiều khó khăn, Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam đã vững vàng vượt qua những khó khăn để thực hiện hoàn thành tốt các chỉ tiêu nhiệm vụ kế hoạch được Bộ Tài nguyên và Môi trường, Hội đồng quản lý Quỹ giao. Cụ thể: lãi suất cho vay ưu đãi duy trì ở mức 5,4%/năm, cam kết cho vay các dự án đầu tư bảo vệ môi trường với số vốn 300 tỷ đồng, doanh số cho vay đạt 200 tỷ đồng; Hỗ trợ lãi suất vay vốn sau đầu tư 487 triệu đồng; Tài trợ cho các dự án và hoạt động bảo vệ môi trường 1,9 tỷ đồng; Hỗ trợ giá điện gió nối lưới 2,5 tỷ đồng; Hỗ trợ kinh phí cho dự án và hoạt động CDM 963 triệu đồng; Thu lệ phí bán/chuyển CERs 2,1 tỷ đồng; Tiếp nhận ký quỹ phục hồi môi trường trong khai thác khoáng sản 16,9 tỷ đồng; Chi tổ chức Giải thưởng Môi trường Việt Nam năm 2013, tổ chức các sự kiện và hoạt động môi trường quốc gia 3,8 tỷ đồng.
Năm 2013, Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam cũng chính thức triển khai hoạt động cho vay đầu tư xây dựng trạm xử lý nước thải tập trung khu công nghiệp theo chương trình dự án “Quản lý ô nhiễm các khu công nghiệp thuộc lưu vực sông Đồng Nai, sông Nhuệ - Đáy” với số vốn 20,47 triệu USD từ Ngân hàng Thế giới (WB).
Bước sang năm mới 2014, Giám đốc Nguyễn Nam Phương khẳng định: theo đà tiến và những nền tảng vững chắc đã được xây dựng, với nỗ lực của tập thể cán bộ nhân viên đoàn kết nhất trí, Quỹ  Bảo vệ môi trường Việt Nam sẽ hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ năm 2014./.